利用方法説明
タンパク質配列相同性検索
(残基一致率による検索)

メソッド :

Needleman-Wunsch 型ダイナミック−プログラミング法を使用する。
検索対象配列を指定されたデータベース（SWISS-PROTタンパク質配列データベース 、またはPDB-REPRDB構造データベース）内の全配列と比較し、検索対象配列と データベース内の候補配列の間で、厳密なダイナミック−プログラミング法による 最適ペアワイズ・アライメントを求める。報告する配列数をしぼり込むために 残基一致率の閾値を指定する。

文献 :

Needleman, S. B. and Wunsch, C. D. :
"A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequences of two proteins",
J. Mol. Biol., vol.48, pp.443-453 (1970).

使用方法 :

  1. 「サービス稼働状況」 をクリックして「相同性検索」のサービスが ON になっていることを確認して下さい。
  2. 「データベース」 を選択して下さい。
    PDB-REPRDB（PDB代表タンパク質チェインDB） と SWISS-PROT が使用できます。
  3. 「検索の閾値」を設定して下さい。
    「残基一致率」を指定できます． 上限値、下限値に適切な値閾を設定して下さい。
    （両方とも同時に省略可能です。）
  4. 「最大報告数」を入力して下さい。
    この数を超える検索結果出力は省略されます。
  5. 「ラベル=」 フィールドにはデータのタイトルを入力して 下さい。
  6. 「検索するアミノ酸配列」のフィールドにアミノ酸配列データを 入力して下さい。
    以下の２つのデータ形式が使用できます。
    6.1
    単純なアミノ酸配列
    例：
    KLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMSKGSLLDFLK
    6.2
    FASTA形式
    例：
    >CSRC_HUMAN
KLGQGCFGEVWMGTWNGTTRVAIKTLKPGTMSPEAFLQEAQVMKKLRHEKLVQLYAVVSEEPIYIVTEYMSKGSLLDFLK
    （「ラベル=」のフィールドが空白の場合にはデータフィールド一行目の「>」の後ろのラベルが配列のラベルとして使用されます。配列中のアルファベット以外の文字は除外されますが、「>」の文字は配列の終わりとみなされます。）

    入力できる配列長の上限は2,000残基です。
    データベースに SWISS-PROT を選択した場合は 入力できる配列の長さは 300 残基以下です。

  7. 実行するサービスの稼働状況を見るには'Service status' ボタンをクリックします。
  8. 入力フォームを初期状態に戻したいときは 'Reset this form' ボタンをクリックして下さい。
  9. 'Submit' ボタンをクリックすると処理が開始されます。
  10. 計算結果例

結果表示について :
  1. 検索条件に一致する配列が見つかった場合は、結果表示画面の最初に見つかった配列の件数と、配列のエントリ名の一覧が表示されます。

    一覧の中のエントリ名をクリックすると、その配列のペアワイズアライメント表示へジャンプできます。

  2. 一覧の下に、問い合わせ配列と見つかった配列それぞれとのペアワイズアライメント表示が続きます。

  3. ペアワイズアライメント表示部のエントリ名をクリックすると、PDB-REPRDB または SWISS-PROT の該当するエントリのページを表示します。

  4. ページの先頭にある「検索結果をマルチプルアライメントする」を選択するとここで見つかった相同配列をマルチプルアライメントさせることができます。
    またお使いのブラウザによっては残基の色分けが見にくいことがあります。そのような場合は「結果をプレーンテキストで表示」を選択して下さい。