利用方法説明
PDB-REPRDB : PDB代表タンパク質チェインDB

メソッド :

PDB-REPRDBは、下記の基準に基づいて選ばれたPDBの代表タンパク質チェインのリストである。 選択の基準は、

1. 原子座標データの質が高い
2. 任意の代表間のアミノ酸残基配列の相同性がある閾値より低い
3. 任意の代表間の立体構造の類似性がある閾値より低い（全体構造ではなく部分構造の類似性を考慮）

代表タンパク質チェインは、”原子座標データの質が高い”順に、 ”配列の相同性”と”立体構造の類似性”が他の代表チェインとの比較でそれぞれの閾値より低い場合に、 選び出される。
詳しくは ドキュメント を参照されたい。

参考文献 :

T. Noguchi, K. Onizuka, Y. Akiyama, and M. Saito:
"PDB-REPRDB: A Database of Representative Protein Chains in PDB (Protein Data Bank)".
Proc. of the Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology,
AAAI press (1997).

使用方法 :

1. 'PDB-REPRDB 選出基準'を御覧下さい。


2. 表中の数字は、それぞれ上記の選出基準 'a)' と 'b)' の組合せに従って選出された、代表タンパク質チェインの数を示しています。
   これらの数字をクリックすると、代表タンパク質チェインの一覧を見る ことが出来ます。